色譜柱在使用中最常見的問題就是柱壓升高，如果柱壓是在長時間使用過程中緩慢增加，屬于正常現象。但柱壓在使用過程中突然升高(系統管路堵塞及壓力傳感器故障除外)，可能的原因有如下幾點：

( 1 )色譜柱頭的過濾篩板堵塞或污染；

( 2 )色譜柱頭的填料被樣品污染;；

( 3 )色譜柱內緩沖液中的鹽遇到高濃度的甲醇或其他有機溶劑，形成結晶析出；

( 4 )流動相 PH 值過大或過小使固定相結構破壞或溶解。 

解決辦法如下： 

( 1 )如確定是色譜柱頭的過濾篩板被污染，可以將色譜柱反方向用甲醇沖洗至正常壓力，或者卸下色譜柱頭，將其放在 10 %的稀硝酸內超聲清洗 10 分鐘，后再用純水超聲 10 分鐘，重新裝入色譜柱；

( 2 )如確定色譜柱頭的填料被污染，將柱頭螺絲卸下，挖出柱內前段被污染的填料，用相同的柱填料重新填入，仔細修復后，重新安裝上柱頭螺絲；

( 3 )如確定定是鹽結晶，用 10% 的甲醇 / 水沖洗色譜柱使柱內鹽全部溶解，再換高濃度甲醇； 

( 4 )如果因 PH 值使用不當，很難恢復。